Ο Άγιος Ιωάννης είναι οικισμός της ΒΔ. Άνδρου, στις νότιες υπώρειες του υψώματος «Σπαρτιά», νοτιοδυτικά του οικισμού Χάρτες και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 170. Απέχει περίπου 45 χλμ. ΒΔ. της Χώρας Άνδρου.[3][4][4][5]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1928 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Μακροταντάλου. Το 1940 ο οικισμός καταργήθηκε για να επανασυσταθεί το 1991. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Μακροταντάλου και προσαρτήθηκε στον δήμο Υδρούσας. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Υδρούσας και προσαρτήθηκε στον δήμο Άνδρου.[2]