Η Αγία Πελαγία είναι πεδινός οικισμός στο ΒΑ. τμήμα του νομού Ηρακλείου, δυτικά του ποταμού Αποσελέμη και κοντά στην Χερσόνησο, σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 10. Απέχει 19 χλμ. περίπου Α. του Ηρακλείου.[4][5][6]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1991 και προσαρτήθηκε στον δήμο Γουβών του νομού Ηρακλείου. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Γουβών και προσαρτήθηκε στον δήμο Χερσονήσου.[3]